制药企业洁净室常需进行环境微生物的监控，以确保出产环境的洁净以及不会形成药品的污染。制药企业洁净室常见的污染源如下（据我国食品药品检定研究院在2018年全国药品微生物查验控制技能精要操练班上的讲座ppt）：
1、人体携带的微生物主要有：金葡、表葡、八叠球菌、不动杆菌、产碱杆菌、亲脂性酵母、皮肤真菌等。
2、空气带有的微生物主要有：微球菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、棒状杆菌、曲霉、青霉。
3、设备、墙面、地上表面。存留的微生物首要有：假单胞菌、表葡、芽孢杆菌等。
4、原材料及包装材料。带着的微生物有：乳杆菌、假单胞菌、芽孢杆菌、链球菌、梭菌、霉菌（枝孢属、青霉属、曲霉属）。
5、水中的微生物主要有：假单胞菌、产碱杆菌、寡养单胞菌、洋葱伯克霍尔德菌、皮氏伯克霍尔德菌、甲基杆菌属、沙雷氏菌、黄杆菌等。
许多企业为了断定菌种，常将许多资金用于微生物全自动断定仪器和相关试剂的购买。其实，一些微生物生化断定试剂盒（无须软件和仪器）、差异培养基和PCR试剂盒即可结束常见菌种的断定工作。
关于以上赤色标出的菌种或菌属，已知均可用HiMedia出产的生化断定试剂盒去作断定。其生化断定试剂盒包含有生化断定卡及辅佐试剂，每个生化断定卡上有12个孔，预置相关的培养基和生化试剂，对应12种生化反应。反应结束后，通过试剂盒内供应的效果诠释表和菌种标准表，即可人工结束菌种断定。其试剂盒掩盖大部分常见菌种，准确度高，在欧盟和美国FDA均有产品注册。
上面的常见菌群中，金葡、表葡可用葡萄球菌的生化断定试剂盒（货号KB004）进行断定，不动杆菌、芽孢杆菌、乳杆菌、链球菌均有相应的生化断定试剂盒。假单胞菌、洋葱伯克霍尔德菌可用非发酵菌生化断定试剂盒（货号KB019）进行断定。沙雷氏菌归于肠杆菌科，可用肠杆菌科的生化断定试剂盒（货号KB003）进行断定。
关于黄色部分的菌种：寡养单胞菌，又称嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)，旧名“嗜麦芽假单胞菌”。它和皮氏伯克霍尔德菌、黄杆菌均可用非发酵菌试剂盒进行断定。
关于蓝色部分的菌种：
1、微球菌属。常见为藤黄微球菌（Micrococcus luteus）。其为革兰氏阳性，与葡萄球菌近似，菌落光滑，颜色呈黄或赤色。为条件致病菌，广泛存在于自然界。《伯杰氏细菌断定手册》指出，其接触酶阳性，无运动性，可利用乙酸盐、乳酸盐和丙酸盐，不发生吲哚。根据生化特征差异藤黄微球菌时，首要根据其在含糖的杂乱培养基上好氧的生长而不发生可察觉的酸。其菌落呈黄色、黄绿色或橙色。详细断定，可选用如下方案：1）先革兰氏染色，观察镜下形状，如为球形，革兰阳性，且疑为葡萄球菌或微球菌。2）可选用“葡萄球菌和微球菌发酵培养基”（英文名Fermentation HiVeg Medium for Staphylococcus and Micrococcus，货号#MV827），以差异微球菌和葡萄球菌。其原理是，培养基中包含葡萄糖，葡萄球菌能厌氧产酸，而微球菌不能。培养基含有的溴甲酚紫为pH指示剂，可指示产酸带来的pH改动。该液体培养基含有少数琼脂，因而创造出厌氧环境。培养18-24小时后，如果是藤黄微球菌，则反应管没有颜色改动，而葡萄球菌的管变为金黄色。
2、八叠球菌属：归于消化球菌科，细胞球形，呈八个或更多细胞的立方堆状。可构成芽孢，革兰阳性。可发酵葡萄糖，产酸，专性厌氧，在pH1到9.8均可生长。无接触酶。镜下应不难辨认。
关于产碱杆菌，它与产碱假单胞菌非常近似，它的差异特征是在含有蛋白胨的肉汤培养基中产氨，使pH上升。粪产碱杆菌常见，它在碳水化合物培养基上呈剧烈的产碱反应。木糖氧化产碱杆菌使OF葡萄糖培养基和OF木糖培养基产酸。本菌能恢复亚硝酸盐，而不能恢复硝酸盐。因而，选用OF根底培养基（英文名：OF Basal HiVegTM Medium，货号MV395）和相应的糖溶液可差异产碱杆菌。
关于棒状杆菌，它归于革兰氏阳性大杆菌，接触酶阳性。可选用碲酸盐血琼脂平板进行别离培养，棒状杆菌菌落呈灰黑色。
关于甲基杆菌，可选用PCR 法扩增菌株的16S rDNA 和甲醇脱氢酶大亚基的 mxaF 基因，扩增产品进行测序，在NCBI数据库顶用BLAST 进行比对，并用MEGA4.0软件进行系统进化树分析。甲基杆菌为革兰阴性，氧化酶和接触酶阳性。
关于梭菌，大部分为严峻厌氧菌。在《伯杰细菌断定手册》中给出了一个表，首要根据糖发酵来断定梭菌属内的各个菌种。HiMedia公司供应了一种包含35种糖发酵的试剂盒（货号KB009），因而可用于梭菌的断定。
关于真菌，如亲脂性酵母和霉菌（枝孢属、青霉属、曲霉属），首先从形状上可差异细菌，也可差异酵母和霉菌，霉菌常常有丝状菌丝。不同霉菌，有些从形状上也可差异。青霉菌属帚状枝是根据青霉菌属特征性效果，根据菌落特征、分生孢子梗、帚状枝、瓶梗和分生孢子形状特征，就可断定到属甚至种水平。曲霉具有有隔菌丝、分生孢子梗和特别的分生孢子头结构，易与其他菌属真菌差异。还可根据SDA或PDA平板上生长的快慢、菌落形状、分生孢子梗等进一步差异。HiMedia也供应了一款差异培养基，货号M1127，可差异巴西曲霉、黄曲霉和寄生曲霉。
总之，关于制药企业洁净室的常见菌，通过形状染色、生化断定（可选用市面上供应的生化断定试剂盒）、PCR产品测序等办法，已足以满意断定的需求，然后结束溯源和确诊的使命。
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